Ако в романа „Божият гняв“ Жозе Родригеш душ Сантуш разкрива тайните на исляма и скритите послания за джихад, които остават игнорирани, то в „Последната тайна“ авторът разкрива тайните на Библията – на Стария и Новия завет. Разкрива множество несъответствия и скритите тайни на написването на евангелията, значенията на определени думи, преводи и тенденциозни замени на думи, които така построяват историята и всичко, което знаем за живота на Исус и посланията му. Скандално за много вярващи християни е разкритието, че Исус от Назарет е ортодоксален евреин, който спазва стриктно старозаветните закони. Създаването на текстовете на евангелията и съдържанието им крият тайни, които са едновременно очевидни, но и неясни за вярващите християни. И всички тези исторически бележки, интелектуални загадки и ерудитски препратки се разкриват стъпка по в криминалното разследване на три убийства на професори в три различни държави в Европа – извършени по еднакъв, ритуален начин със сика (кинжал) и с изоставена неясна шарада (символ) в района на убийството.